테마파일중에 메뉴를 출력하는 코드가 어딘가에 있을겁니다.

그쪽에 do_shortcode() 함수를 추가 해주시면 될 듯 합니다.

do_shortcode() 함수는 숏코드만을 실행하고 단순 텍스트는 그냥 출력하기 때문에 편하게 추가해서 테스트 해보세요 :)

감사합니다!