그리고 default 스킨을 기준으로 설명드리면 latest.php 파일을 수정해주셔야 합니다.

<td class="kboard-latest-title"><div class="cut_strings"><a href="<?php echo $url->set('uid', $content->uid)->set('mod', 'document')->toStringWithPath($board_url)?>"><?php echo $content->title?></a> <?php echo $content->getCommentsCount()?></div></td>

위 코드를 아래 코드로 변경해주세요.

<td class="kboard-latest-title"><div class="cut_strings"><a href="<?php echo $url->set('kboard_id', $content->board_id)->set('uid', $content->uid)->set('mod', 'document')->toString()?>" onclick="window.open(this.href);return false;"><?php echo $content->title?></a> <?php echo $content->getCommentsCount()?></div></td>

이렇게 하시면 새창으로 게시글 페이지가 뜹니다.

팝업창을 조절하시려면 window.open() 관련해서 찾아보셔야 합니다.

그리고 해당 화면으로 스크롤이 이동하게 하려면..

default 스킨에서 글읽기의 레이어에 ID값이 kboard-default-document로 되어 있습니다.

아래 코드 참고해서 주소 뒤에 #kboard-default-document 이걸 추가해주세요. 해당 ID가 적용된쪽으로 스크롤이 이동하게 됩니다.

<td class="kboard-latest-title"><div class="cut_strings"><a href="<?php echo $url->set('uid', $content->uid)->set('mod', 'document')->toStringWithPath($board_url)?>#kboard-default-document"><?php echo $content->title?></a> <?php echo $content->getCommentsCount()?></div></td>

또는 아래코드

<td class="kboard-latest-title"><div class="cut_strings"><a href="<?php echo $url->set('kboard_id', $content->board_id)->set('uid', $content->uid)->set('mod', 'document')->toString()#kboard-default-document?>" onclick="window.open(this.href);return false;"><?php echo $content->title?></a> <?php echo $content->getCommentsCount()?></div></td>

스킨마다 ID값은 다르니 확인해보세요.