dateObj2 변수에는 dateArray2로 적용해주셔야 할 듯합니다.

아래의 코드를 확인해보시겠어요?

function sum(){
	var a1 = document.getElementById("datepicker1").value; // a1변수에 id값이 datepicker1인 인풋값을 넣기
	var a2 = document.getElementById("datepicker2").value; 
	var dateArray = a1.split("-");  // dateArray변수에 a1변수 값을 - 기준으로 쪼개기 
	var dateObj = new Date(dateArray[0], Number(dateArray[1])-1, dateArray[2]);  // 배열이 된 dateArray변수 값을 나열하기 가운데 -1인 이유는 자바스크립트 기준 월단위는 0으로 시작하기 때문
	var dateArray2 = a2.split("-");  
	var dateObj2 = new Date(dateArray2[0], Number(dateArray2[1])-1, dateArray2[2]);  
	var betweenDay = (dateObj2.getTime() - dateObj.getTime()) / 1000 / 60 / 60 / 24;    // gettime으로 나열된 변수값을 밀러세컨드 단위로 변환하고 /1000/60/60/24; 일단위 차이로 만든다.

	if(betweenDay >= 0 && a1 && a2){
		document.getElementById("sell3").value = betweenDay;     // 최종적으로 두값의 차이 일 을 마지막 sell3 인풋값으로 넣는다
	}
}

변수의 값들이 제대로 입력됐는지 확인하시려면

아래의 코드로 적용해보시겠어요?

function sum(){
	var a1 = document.getElementById("datepicker1").value; // a1변수에 id값이 datepicker1인 인풋값을 넣기
	var a2 = document.getElementById("datepicker2").value; 
	var dateArray = a1.split("-");  // dateArray변수에 a1변수 값을 - 기준으로 쪼개기 
	var dateObj = new Date(dateArray[0], Number(dateArray[1])-1, dateArray[2]);  // 배열이 된 dateArray변수 값을 나열하기 가운데 -1인 이유는 자바스크립트 기준 월단위는 0으로 시작하기 때문
	var dateArray2 = a2.split("-");  
	var dateObj2 = new Date(dateArray2[0], Number(dateArray2[1])-1, dateArray2[2]);  
	var betweenDay = (dateObj2.getTime() - dateObj.getTime()) / 1000 / 60 / 60 / 24;    // gettime으로 나열된 변수값을 밀러세컨드 단위로 변환하고 /1000/60/60/24; 일단위 차이로 만든다.

	if(betweenDay >= 0 && a1 && a2){
		document.getElementById("sell3").value = betweenDay;     // 최종적으로 두값의 차이 일 을 마지막 sell3 인풋값으로 넣는다
	}

	console.log('a1 : ' + a1);
	console.log('a2 : ' + a2);
	console.log('dateArray : ' + dateArray);
	console.log('dateObj : ' + dateObj);
	console.log('dateArray2 : ' + dateArray2);
	console.log('betweenDay : ' + betweenDay);
}

테스트 시에 위의 코드처럼 적용하시고 onkeyup 이벤트가 발생하면

크롬 브라우저의 개발자 도구(F12키) -> 콘솔(Console) 화면에 표시됩니다.

고맙습니다.

말씀해주신 코드로 하니까 변수값이 먹힙니다. 감사합니다.~

하지만 제가 최종적으로 표현할 식은

=========================================================================================

<script type="text/javascript"> 

function sum()
{
var a1 = document.getElementById("datepicker1").value, // a1변수에 id값이 datepicker1인 인풋값을 넣기
        a2 = document.getElementById("datepicker2").value; 

var dateArray = a1.split("-");  // dateArray변수에 a1변수 값을 - 기준으로 쪼개기 
  
var dateObj = new Date(dateArray[0], Number(dateArray[1])-1, dateArray[2]);  // 배열이 된 dateArray변수 값을 나열하기 가운데 -1인 이유는 자바스크립트 기준 월단위는 0으로 시작하기 때문

var dateArray2 = a2.split("-");  
  
var dateObj2 = new Date(dateArray[0], Number(dateArray[1])-1, dateArray[2]);  
  
var betweenDay = (dateObj.getTime() - dateObj2.getTime())/1000/60/60/24;    // gettime으로 나열된 변수값을 밀러세컨드 단위로 변환하고 /1000/60/60/24; 일단위 차이로 만든다.
  

 if(a1 && a2){
  document.getElementById("sell3").value = betweenDay;     // 최종적으로 두값의 차이 일 을 마지막 sell3 인풋값으로 넣는다
 }
}
</script>

=========================================================================================

이렇습니다. 

데이터값을 밀리리터값으로 치환한 후 datepicker2 - datepicker1 의 시간 차이를 * 비용으로 표현하고 싶습니다. 

근데 ..여전히 sell3 셀값에는 입력이 되질 않네여 이유 혹시 아시나요..?? 

인풋박스 datepicker2, datepicker2에  숫자를 강제로 넣으면 sell값이 적용되는데 ... 이상합니다. ㅠㅠ 

올려주신 코드에 문제가 있는 듯합니다.

sum() 함수를 아래의 코드로 적용해보시겠어요?

function sum(){
	if(document.getElementById("datepicker1").value && document.getElementById("datepicker2").value){
		document.getElementById("sell3").value = document.getElementById("datepicker1").value.split("-");
	}
}

고맙습니다.