해당 버튼이 어느 파일에 있는건가요?

직접 php 파일에 코드가 있다고 해도 원하시는 속성을 적용하기 위해서는 파일을 수정하셔야 할 듯합니다.

그런데 클래스 추가하기위해 해당 php파일 수정해도 괜찮은건가요?

색상을 주기 위해서는 클래스를 추가하셔야 할 듯합니다.

예를들어 active-item 클래스를 아래와 같이 추가하고

<ul id="menu-rd" class="menu">
     <li id="menu-item-4444" class="active-item menu-item menu-item-type-custom menu-item-object-custom menu-item-4444"><a href="http://ss4588.com/연구개발/특허-및-실용신안">특허 및 실용신안</a></li>
     <li id="menu-item-4445" class="menu-item menu-item-type-custom menu-item-object-custom menu-item-4445"><a href="http://ss4588.com/%EC%97%B0%EA%B5%AC%EA%B0%9C%EB%B0%9C/%EC%9D%B8%EC%A6%9D%EC%84%9C/">인증서</a></li>
     <li id="menu-item-4446" class="menu-item menu-item-type-custom menu-item-object-custom menu-item-4446"><a href="http://ss4588.com/%EC%97%B0%EA%B5%AC%EA%B0%9C%EB%B0%9C/%EA%B8%B0%EC%88%A0%ED%98%91%EC%95%BD/">기술협약</a></li>
</ul>

아래의 CSS 코드를 추가하시면 될 듯합니다.

#menu-rd .active-item { background-color: #3c6bb5; color: #fff; }